一级系统主要采用物化处理方法，可作为废水的预处理阶段，其中部分工艺为并联运行，可根据不同水质选择流程，包含机械絮凝池、沉淀、气浮等工艺。 二级系统采用主流的生物处理工艺，以厌氧-好氧处理为核心，包含了UASB、MBR、SBR、BAF、氧化沟、A2O等，可用于处理生活污水、高浓度有机废水、高氨氮废水等，典型的应用如油脂废水、啤酒废水、垃圾渗滤液、制革废水的小规模处理及研究等。 三级系统作为深度处理阶段，也是中水回用的处理系统，对二级出水进一步处理，采用物化方法，石英砂过滤与活性炭吸附可选用串联或并联两种运行方式中的一种运行；并设有膜分离单元，包含微滤、超滤、反渗透等，可去除胶体、不溶有机物、盐类等，出水可取样研究或回用。